Zawartą w nieodległym Brześciu unię z Rzymem w Kobylanach przyjęto dopiero w 1620 roku. Mogło to wiązać się ze zbudowaniem nowej cerkwi, bo protokół wizytacyjny z 1726 roku ówczesną świątynię określa jako starą i wpół przegniłą. Zapewne niedługo później wzniesiono nową, murowaną. Tradycyjnie kolejne świątynie zachowują wezwanie Opieki Matki Bożej.
Z powrotem do prawosławia
Datą graniczną dla parafii okazał się rok 1875, kiedy unitów z Podlasia pod przymusem zakwalifikowano jako prawosławnych. W Kobylanach, w odróżnieniu od innych miejscowości, nie pociągnęło to za sobą poważniejszych rozruchów, chociaż protokół wizytacji biskupa prawosławnego Tichona w 1898 zawiera wskazanie, że jest "1284 wiernych, w tym 239 uporstwujuszczych" - czyli wiernych unii. W 1915 roku parafia została osierocona: zgodnie z przygotowanym planem w pierwszej turze wycofujących się w głąb Rosji wyjechał batiuszka z rodziną, jednak mieszkańcy zostali. Posługę duchową nieśli im w tym czasie mnisi z Jabłecznej.
Ikona Opieki Matki Bożej (Pokrowy) przedstawia Matkę Boską osłaniającą swoim welonem potrzebujących. Kult wywodzi się z Bizancjum i tamtejszej legendy o tym, jak Maryja objawiła się św. Andrzejowi, ostrzegając go o napaści piratów na miasto. Wezwanie Opieki Matki Bożej było jednym z najczęstszych na naszych terenach
Architektem cerkwi w Kobylanach był Wiktor Syczugow, wybitny moskiewski architekt. Na Podlasiu jego dziełami są również świątynie w Radczu, Sosnowicy (pow. parczewski), Szóstce (pow. bialski) i Dratowie (pow. łęczyński) oraz nieistniejąca już w Łomazach. Niemalże bliźniaczką kobylańskiej jest cerkiew w Tarnawatce (pow. tomaszowski)
W obronie tożsamości
Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę rząd odnosił się z niechęcią do prawosławia, widząc w nim narzędzie carskiego nacisku i rusyfikacji. Parafia Kobylany jednak została przewidziana jako jedna z trzech (razem z Zabłociem i Sławatyczami, potem doszły Nosów, Gnojno i Jabłeczna) tych do utrzymania. Liczyła w tym czasie ok. 5 tys. wiernych, pochodzących w części z miejscowości, z których część dzisiaj coraz trudniej odnaleźć: Kobylany, Polatycze, Małaszewicze Duże, Małaszewicze Małe, Podolanka, Koroszczyn, Leguty Małe,Błotków, Łobaczów Duży, Łobaczów Mały, Samowicze, miasto Terespol, Dobrynka, Popiel,Wólka Dobryńska, Mokrany Stare, Neple, Kuzawka, Krzyczew, Kijowiec,Ogródki, Dereczanka, Husinka, Koczakówka, Horbów, Zalesie, LachówkaWielka, Lipnica, Olszyn, Rokitno, Michałki, Berezówka, Kostomłoty, Dobratycze, Lebiedziew, Kopytów, Okczyn, Żuki, Murawiec, Kożanówka, Kołpinek, Ogrodniki, Kąty, Kłoda. Z racji na rozległość i potrzeby wiernych filiami ustanowiono placówki w Kostomłotach i Kijowcu. W latach dwudziestych Kobylany stały się areną sporu o cerkiew między wspólnotą prawosławną a nowo powstałą parafią katolicką obrządku bizantyjsko-słowiańskiego. Szło nie tylko o dostęp do cerkwi, ale i o wcale liczne przynależne do niej grunty. W konflikt ten angażuje się nawet zwierzchnik polskiego prawosławia metropolita Dionizy, który osobiście przyjeżdża do Kobylan dodawać ducha wiernym. Z misją organizowania oporu przybywa też mnich Nifont Niedźwiedź, człek wielkiej energii, którego zwierzchnicy posyłali tam, gdzie potrzeba było podjąć ryzyko i narazić zdrowie. O jego działalności w Kobylanach (a także nieodległych Kostomłotach) dowiadujemy się z kronik policyjnych, które osobie i działalności tego zakonnika poświęcały dużo uwagi. Koniec końców cerkiew została przy prawosławiu.
Naszi sławny Kobylany...
Bez uszczerbku świątynia przeżywa też w 1938 roku akcję niszczenia wschodnich świątyń na Podlasiu. W tym czasie trafia do niej wyposażenie z wielu zabranych prawosławnym albo zniszczonych świątyń. Razem z cerkwiami zamykano też cmentarze, więc do Kobylan przywożono też zmarłych. Zanotowano z tego czasu wierszyk:
Naszi sławny Kobylany.
Chaj im sława bude,
Szto za 20 kiłometry
wezły wmerszych lude
Zostali nieliczni
Nieprzerwanie pozostaje czynna w czasie II wojny światowej. Dopiero po jej zakończeniu parafia się wyludnia: przychodzi Akcja Wisła. Jak wspominają najstarsi mieszkańcy, w dokonywanym wówczas spisie narodowościowym wielu wahało się, co wpisać: Polak, Ukrainiec, Białorusin? Tych, których władze uznały za Ukraińców, pociągami ze stacji Chotyłów wywieziono na tzw. Ziemie Odzyskane. Ich relacje znajdziemy m.in. w książce "dwie godziny", wydanej w Białej Podlaskiej w 2013. Wrócili nieliczni.
Osłabiona liczebnie parafia jednak nieprzerwanie przetrwała do dzisiaj. Odnowiona cerkiew zapełnia się jednak tylko w największe święta. Sąsiaduje z okazałym kościołem katolickim. Niegdyś widok dwóch świątyń chrześcijańskich stojących obok siebie był na Podlasiu najzupełniej zwyczajnym.
