Ojciec przyszłego prymasa Jan, marszałek koronny i marszałek Sejmu, ochrzczony w Kościele Katolickim przeszedł najpierw na luteranizm, potem zaś na wyznanie kalwińskie. W 1573 roku potrafił nawet w trakcie koronacji zażądać od Walezjusza potwierdzenia gwarancji wolności religijnych.
Ojciec chrzestny z kolczykami
Za drugą żonę pojął jednak katoliczkę Barbarę Mniszek. Na ojca chrzestnego rychło narodzonego synka poproszono nowoobranego króla Rzeczypospolitej, Henryka Walezego. Była to oczywiście kurtuazja, bo na wsparcie w chrześcijańskim i choć trochę moralnym wychowaniu od strony monarchy nie bardzo można było szczerze liczyć. Zniewieściały władca znany był m.in. noszenia kolczyków, przebierania się w stroje kardynałów i zachować uznawanych za dziwaczne nawet na dworze paryskim. Walezego dość powszechnie posądzano o homoseksualizm i transwestytyzm. Sam chrzest był oczywiście kalwiński, ale, jako że hetman Jan zmarł rok później, Barbara chłopczyka wychowywała w duchu rzymskokatolickim. Wysłała go do znanej ze swojej skuteczności, szkoły jezuickiej a następnie na nauki do papieża, co po latach poskutkowało uczyniło z Firleja czołowego żołnierza kontrreformacji.
Blisko papieża
Biskup Firlej lubił, barokową modłą, otaczać się dostatkiem a nawet przepychem. W Czemiernikach zainwestował znaczne sumy; ufundował najpierw kościół św. Stanisława, potem zaś, utrzymaną w konwencji pałacu obronnego (palazzo in fortezza) rezydencję. Stała się jedną z najsłynniejszych na całą Rzeczpospolitą Obojga Narodów, głównie za sprawą pięknych ogrodów i parku.W 1626 roku, kiedy to w Krakowie przez kilka miesięcy panowała zaraza, arcybiskup Firlej zaprosił do swojego pałacu Zygmunta III Wazę wraz z żoną Konstancją i córką Anną Katarzyną. Czemierniki przez chwilę były nieformalną stolicą kraju.
Sam - zgodnie z własnymi przewidywaniami - długo urzędu prymasa nie pełnił i umarł dość wcześnie. Ciężko zachorował, po czym kazał przenieść się